民办二本和公办二本主要在学费、录取分数、住宿环境、师资力量、硬件设施、保研考研、学历认可、办学形式、合并几率、抗风险能力等方面有所差别。1.学费方面：民办高校的运行和发展所需要的经费是没有国家财政拨付的，基本上都是由这个学校的创办方（一般都是全体股东)进行出资进而让这个学校维持正常的运行。这其中包括学校的建设、维护和教师的薪资等方面的支出都是学校自己负责，属于自主经营、自负盈亏的形式。再加上民办学校本身的盈利性质。所以民办高校基本上主要的收入依赖于学生每年所缴付的学费，一般来说都是每年1.3w-2w。而公办院校的运行和发展所需要的经费绝大部分都是来自于的国家的财政拨付，而且教育部还会根据学校新招收的学生进行按人头拨付一定的教育培养经费，这就造成了公办院校对学生的学费要求是比较低的，一般都是每年0.5w-0.8w。2.录取分数：大多数“公办二本”都要比“民办二本”招录分数要高。同时“公办二本”的生源比“民办二本”更好。3.住宿环境： “民办二本”住宿环境更好。因为民办有私营成分在里面，营造好的住宿环境当然利于招生。同时大多数“民办二本”建校时间短，所以在住宿环境方面，“民办二本”绝大多数要比“公办二本”好。4.师资力量：通常情况下，民办高校的师资力量会弱一些。公办院校可以为教师提供教师编制，在招聘时对应聘者的要求较高，并且会由教育部、教育局不定期的调动优秀的教师到各个高校教学，师资力量更为雄厚一些。但现在一些民办大学为了弥补这方面劣势，从而高薪聘请重点大学优秀老师，并且能够采取市场化的客座方式，往往能够请名头更大的教授。5.硬件设施：公办大学有经费支撑，越好的大学，经费越足，可以拿来更新教学设备，购买科研仪器。而民办大学一般需要自己花钱去买。所以说，在这一方面民办二本可能会没有公办二本那么好，除非是有大企业支撑的民办大学。6.保研考研率：目前大多数“民办二本”是不具有保研资格和研究生授位资格，再加上“公办二本”生源质量较好，所以在保研考研率上，“公办二本”更高。7.学历认可度：虽然都是二本毕业的，但在真正找工作时毕业证的认可度是不同的，公办二本更高一筹，而且如果念了不好的民办二本，竞争力就更低。8.办学形式：“公办二本”里面有中外合作办学、出国交流项目、少数民族预科班、名校联合招生办等等形式多样化的办学形式。而“民办二本”由于其性质属性决定无法拥有这么多的办学形式。所以，在办学形式方面，“公办二本”更趋于多样化。9.被合并几率：“民办二本”因为其性质，几乎没有被合并的可能，而“公办二本”往往是综合性大学合并的首选目标，更可能被知名大学所合并，从“二本”变“一本”。10.抗风险能力：“公办二本”几乎没有消失的可能，而“民办二本”却有这样的风险。如北京师范大学珠海分校属于独立学院，而独立学院是民办高等教育的重要组成部分。该校从2019年起逐年调减招生计划，于2021年停止招生，2024年终止办学。