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首先，1912年，北京医科大学的前身“北京医学专门学校”创建时使用的是京师大学堂（北京大学的前身）医学实业馆的校舍。其次，1927年，北京医科大学校与北京大学等其他北京的高等院校一起成立了国立京师大学校，1928年更名为国立北平大学。

1946年，北平大学并入北京大学，医学院成为北京大学医学院。第三，1952年全国高等院校院系调整中，北京大学医学脱离北京大学院独立办学，并更名为北京医学院，1985年更名为北京医科大学，直到2000年再次与北京大学合并。