三江学院的前身可追溯至1902年的三江师范学堂（南京大学、东南大学等高校的前身）。

1992年南京大学、东南大学等高校的一批退休教授和管理人员发起并创办三江大学，1993年6月江苏省政府同意三江大学筹建并试招生，1995年4月由原国家教委批准正式建校，1999年学校定址于雨花台区铁心桥，2002年2月经国家教育部批准升格为本科高校，定名为三江学院。