出纳核算的主要方法包括设置账户、复式记账、审核并填制凭证、登记账簿、财产清查、编制报表，以及对出纳核算资料进行分析和利用等，目的在于对企业日常生产经营的资金流动进行记录和管理。

其中设置账户是对核算对象的具体内容进行分类反映和监督的一种专门方法。复式记账是对每一项经济业务通过有关账户相互联系起来进行登记的一种专门方法。审核并填制凭证，是为了保证会计核算质量，审查经济活动的合理性、合法性而采用的一种专门方法。

登记账簿是根据记账凭证，在账簿上连续、系统、全面地记录经济业务的一种专门方法。财产清查是对各项资产物资进行实物盘点，账面核对以及对各项往来款项进行查询、核对，以保证账账、账实相符的一种专门方法。