农民种植专业合作社如果要停业注销，首先要由部分社员代表组成专业合作社停业清算组，对专业合作社的债权债务进行全面清理清算。

清算方案经社员大会通过后，进行清偿结束后。即可以携带由专业合作社原法人代表(或清算组法人代表）签字的社员大会或社员代表大会关于合作社停业注销决定，直接到注册登记机关申请注销即可。

先去当地报社做一份解散声明的广告，等广告出来之后，带着报纸去工商局申请注销。