石河子大学的王牌专业有农学、农林经济管理、农业机械化及其自动化、临床医学、动物医学等专业。

石河子大学王牌专业名单

国家级特色专业（5个）：农学、农林经济管理、农业机械化及其自动化、临床医学、动物医学

新疆省重点建设学科

国家重点学科（1个）：作物栽培学与耕作学。

国家重点学科培育点（1个）：农业经济管理。

自治区级重点学科（13个）：作物栽培学与耕作学、应用化学、化学工程与技术、作物学、植物保护、农业机械化工程、农业水土工程、畜牧学、园艺学、病理学与病理生理学、预防兽医学、农业经济管理、生物化学与分子生物学。

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