一、对外权限不同。部委内部司属于部委内设业务机构，对外没有发文权限。部委内设局则不同，对外可以发文。

二、内设机构不同。部委内部司下设机构为业务处室，没有办公、人事等综合部门。部门内设局下设机构除业务科室外，还包括党委、人事、财务等处室。

三、业务不同。部门内设司一般管理相对简单的业务。部门内设局一般管理相对重要的业务。在部委内设机构在，司、局行政级别都是一样的。