原子是构成物质的基本单位，它们通过不同的化学反应和结合形成了各种不同的物质。直接由原子构成的物质主要包括单质元素和惰性气体。单质元素是由同种原子组成的纯物质，例如氢气、氧气、金属铁等。

惰性气体是元素周期表中的六个元素，包括氦、氖、氩、氪、氙和钅，它们都是非常稳定的单原子分子，不会形成化合物。除此之外，还有一些具有不稳定性的原子团簇，例如离子、自由基等，它们通常只存在于极端条件下，例如高温或高能辐射环境中。

由原子直接构成的物质主要有以下几类：

金属。如金、银、铜、铁、镁等

非金属固体。如硫、碳、硅、磷等

稀有气体。如氦、氖、氩、氪、氙等。

总的来说，由原子直接构成的物质包括了金属、非金属固体以及稀有气体等。