水利基金计入税金及附加，会计分录如下：

计算应交时：

借：税金及附加

贷：应交税费——水利建设基金

实际上交时：

借：应交税费——水利建设基金

贷：银行存款

水利建设基金是用于水利建设的专项资金，由中央水利建设基金和地方水利建设基金组成。中央水利建设基金主要用于关系经济社会发展全局的重点水利工程建设。地方水利建设基金主要用于地方水利工程建设。