主要有以下三个方面的差异：

学位差异：物流工程属于工科拿的是工学学位，物流管理是文科拿的是管理学学位。

教学差异：物流工程对数学要求较高，除了物流基础知识课程外比较注重物流技术的方面的知识培养，比如物流园区规划、系统优化、选址、计算机语言、仿真等等。

物流管理相对物流工程数学要求不高，偏重经济和管理方向的知识培养。

就业前景差异：物流工程属于工科，课程开设难些，同等条件下对学生能力培养效果要好些。公司在情况大致相同的时候可能比较偏向于物流工程的同学。