社保扣费了医保没扣费的原因为因为养老保险和医疗保险是不同的部门。对于灵活就业参保人来说，职工养老部分缴费由社保部门负责扣缴;医保部分缴费由医保部门负责扣缴。这两者不是一起扣费的一般医保扣费要比养老的晚几天,您可以等等如果还没有扣费的可以到社保大厅查查原因的。