中科学院的学科专业有理学、工学、农学、管理学4大门类，涵盖了15个一级学科，其中博士学位一级学科授权点7个、二级学科博士学位授权点44个；硕士学位一级学科授权点8个，二级学科授权点58个，其中包含2个专业学位授权资格；此外还有8个博士后流动站。

园艺学、农业资源与环境、植物保护、畜牧学、兽医学、草学、生物学、生态学、农业工程等专业。