上海交通大学临床医学专业是国内一个实力比较强的学院，属于上海交大医学院中很热门的专业，且该学院在国内众多的医学院中，学术排名是占据第一的位置。其中口腔医学国内排名第二。学校教学资源比较丰富，实力赶超协和医院。

上海交通大学的船舶与海洋工程被评估位列A+档的等级，实力很强，且还是世界第一的位置，培养了很多优秀的人才。这个专业主要就业方向是海事局、国内外船级社等有广阔的发展前景。

上海交通大学电气工程与自动化专业老师授课水平很高，在全国各大高校中排名靠前。这个专业培养的是能够从事电气工程相关的系统运行的优秀人才，这个专业其实整体的就业前景是很不错的，学生生毕业后可以在电力公司或者国企上班。

没有所谓最好的专业，但可以指出上海交大排名靠前，实力强劲的一些专业：船舶与海洋工程，机械工程，临床医学，生物技术，计算机科学与技术等